Le Jökulsárlón s'est formé au milieu du XXe siècle lorsque le Breiðamerkurjökull, un glacier émissaire du Vatnajökull, a commencé à reculer à un rythme accéléré. En 1975, la lagune avait quadruplé sa surface initiale.
Aujourd'hui, la masse d'eau atteint des profondeurs dépassant deux cent cinquante mètres, ce qui en fait le lac le plus profond d'Islande. De la glace millénaire se détache quotidiennement de la face du glacier, dérivant sous forme d'icebergs bleu cobalt vers l'Atlantique.
La lagune se trouve à l'extrémité de la plus grande calotte glaciaire d'Europe, le Vatnajökull, qui couvre huit pour cent de la masse terrestre de l'Islande. L'eau de fonte s'écoule par des systèmes fluviaux sous-glaciaires, transportant des sédiments volcaniques qui colorent les marges de la lagune en gris-blanc. Les phoques fréquentent le canal entre la lagune et l'océan, chassant l'omble chevalier et le capelan. L'importance écologique du site lui a valu une protection dans le cadre du parc national du Vatnajökull en 2008, consolidant les limites de conservation précédemment fragmentées le long du corridor de l'excursion d'une journée sur la côte sud, au Jökulsárlón et à la plage de diamants au départ de Reykjavik.
La plage de diamants tire son nom des fragments de glace qui s'échouent sur le sable basaltique noir de Breiðamerkursandur. Les courants océaniques repoussent les icebergs à travers l'exutoire peu profond, les déposant le long d'une étendue de deux kilomètres. L'action des vagues polit chaque fragment, créant des sculptures translucides qui réfractent la lumière du nord. Le contraste entre le sable volcanique et la glace glaciaire attire les photographes toute l'année, bien que l'automne et l'hiver offrent l'interaction la plus spectaculaire entre le soleil bas et la clarté de la glace.
La route 1, la route circulaire, relie Reykjavik au Jökulsárlón via un corridor de trois cent soixante-dix kilomètres. Le voyage traverse Skeiðarársandur, une plaine d'épandage formée par des inondations glaciaires répétées, et passe par Skaftafell, une enclave forestière de bouleaux au sein du parc national du Vatnajökull. Les itinéraires de l'excursion d'une journée sur la côte sud, au Jökulsárlón et à la plage de diamants au départ de Reykjavik incluent généralement les cascades de Seljalandsfoss et Skógafoss, toutes deux alimentées par le ruissellement glaciaire de l'Eyjafjallajökull et du Mýrdalsjökull. Les améliorations de l'infrastructure achevées en 2019 ont élargi les accotements et ajouté des plates-formes d'observation sur des sites géologiques clés, réduisant l'impact environnemental de l'augmentation de la fréquentation.
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